Теракт произошел в восемь утра по местному времени. Замминистра ехал на работу из селения Экажево, где он живет, в город Назрань. Все случилось на дороге в районе муниципального округа Насыр-Кортовский. К настоящему времени есть две версии случившегося. По одной версии, с одной из второстепенных улиц неожиданно выехала автомашина ВАЗ-2110, в которой находился террорист-смертник, и на полном ходу врезалась в колонну из трех машин. Произошел мощный взрыв, после которого машина чиновника загорелась. По другой версии, взорвавшийся автомобиль был припаркован у обочины и никуда не двигался, а бомба была приведена в действие радиосигналом. Вторая версия к этому моменту выглядит более правдоподобной: на месте теракта пока так и не найдено фрагментов тела смертника.
Мощность сработавшего устройства составляла около 70 кг в тротиловом эквиваленте, об этом вскоре после теракта сообщил секретарь Совета безопасности Ингушетии Башир Аушев. Прибывшие на место взрыва врачи ничем не могли помочь людям, ехавшим в машине замминистра.
По предварительным данным, в результате взрыва погибли 7 человек: помимо Костоева, это его охранник и водитель и четверо гражданских лиц, автомобиль которых врезался во взорванный джип сразу после взрыва. Также несколько человек получили ранения, пока об их состоянии не сообщается.
Сейчас на месте теракта работают оперативно-следственные группы. Для расследования обстоятельств теракта в республику из Москвы вылетела группа сотрудников Временной объединенной группировки органов и подразделений внутренних дел России. Возбуждено уголовное дело по трем статьям УК РФ: «терроризм», «незаконное хранение, ношение оружия и боеприпасов», «посягательство на жизнь сотрудника правоохранительных органов», сообщили в республиканском МВД. План «Перехват», объявленный в республике сразу после теракта, никаких результатов не дал.
Покушения на ингушских чиновников не редкость, но Костоева и его родственников боевики преследовали особенно упорно, регулярно и организованно.
В августе 2005 года в районе того же села Насыр-Корт прогремел взрыв замаскированного радиоуправляемого взрывного устройства. Костоев получил тяжелые ранения и длительное время находился на стационарном лечении. Через 10 дней, 25 августа, близкий друг Джабраила Костоева — председатель правительства Ингушетии Ибрагим Мальсагов тоже пережил аналогичное нападение. В 2005 году — в ноябре и декабре — неизвестные преступники дважды обстреляли дом Костоева в селении Экажево. Вечером 7 декабря 2005 года они произвели несколько выстрелов из автоматов в дом тогда еще начальника ГОВД Назрани. Никто из семьи Костоева не пострадал. 29 ноября 2005 года неизвестные обстреляли дом из стрелкового оружия и гранатометов. 2 ноября был убит родной брат Костоева — сотрудник ГОВД Назрани Зубейр Костоев. На следующий день после похорон были взорваны ворота кладбища, где погребен Зубейр. 20 сентября 2005 года в Карабулаке был убит сотрудник уголовного розыска Назрановского РОВД Костоев — племянник Джабраила Костоева (сын его родного брата Ибрагима).
По словам секретаря Совбеза Аушева, к теракту могут быть причастны «силы, которые пытаются дестабилизировать ситуацию в Ингушетии и в целом на Северном Кавказе». По другой версии, данный теракт может быть местью Костоеву. «Это был один из ярких работников министерства внутренних дел республики», — сообщил секретарь ингушского совбеза. Вместе с тем, по данным радио «Эхо Москвы», к теракту в Назрани может быть причастен один из лидеров чеченских боевиков Шамиль Басаев. Ссылаясь на интернет-сайт боевиков, радиостанция сообщила, что несколько дней назад Басаев встречался с командирами нескольких отрядов боевиков, в том числе и действующих на территории Ингушетии, и ставил перед ними новые боевые задачи.
Стоит отметить, что столь масштабных терактов – с участием террориста-смертника и набитой взрывчаткой машины – в кавказском регионе не было давно.
В последний раз крупный теракт по тому же сценарию был осуществлен в Моздоке, где шахид на грузовике со взрывчаткой протаранил забор военного госпиталя (2003 г.)
По одной из версий, активизация ингушских боевиков началась после «крупного финансового вливания, осуществленного в их адрес властями Ингушетии в виде выкупа за освобождение депутата Народного собрания и тестя президента Мурата Зязикова Магомеда Чахкиева». Об этом сообщает местный оппозиционный сайт «Ингушетия.Ru». 72-летний Чахкиев был похищен в Назрани 27 февраля. Неизвестные заблокировали и обстреляли служебный автомобиль, в котором находился депутат. Чахкиева, угрожая оружием, насильственно посадили в машину и увезли в неизвестном направлении. Спустя 2 месяца тесть был освобожден, по версии властей, в результате спецоперации, без уплаты выкупа. Однако, по утверждению оппозиции, за освобождение Чахкиева был уплачен выкуп в сумме 10 млн долларов. В сумку с деньгами, переданными боевикам 1 мая, спецслужбами был вложен чип-радиомаяк. Но передававшие деньги люди из окружения президента Ингушетии предупредили боевиков, что в сумке находится радиомаяк. Они взяли деньги, а сумку подвесили где-то в лесу на дерево. На следующий день был проведен массированный ракетно-бомбовый удар по лесному массиву около села Али-Юрт.