Госдума на пленарном заседании приняла постановление о назначении Сергея Мовчана аудитором Счетной палаты России. Его кандидатура была представлена в Госдуму президентом России Владимиром Путиным.
1 декабря 2004 года указом президента Мовчан был назначен директором Федеральной регистрационной службы, а 19 марта 2007 года освобожден от этой должности.