Северо-осетинская комиссия по расследованию теракта в Беслане начала свою деятельность одновременно с федеральной комиссией. Многие опасались, что как такового альтернативного расследования не состоится. Однако почти с самого начала глава комиссии Станислав Кесаев заявил, что возглавляемая им депутатская комиссия не собирается ждать окончания итогов работы оперативно-следственной комиссии Генпрокуратуры и парламентской комиссии в Москве. Позднее Кесаев неоднократно выступал с интервью, в которых сообщал о фактах, противоречащих основной версии следствия: в частности, он привел доказательства использования гранатометов и танков при штурме, с некоторыми из которых Генпрокуратуре пришлось согласиться.

После интервью главы осетинской комиссии журналу «Коммерсантъ-Власть» в июне этого года замгенпрокурора Николай Шепель назвал Кесаева «бессовестным», а комиссию — незаконной. В свою очередь, Кесаев заявил, что не собирается обращать внимания на подобные заявления, так как до этого заявления комиссия сотрудничала с парламентской комиссией и со структурами Генпрокуратуры, и вопросов о ее нелегитимности не возникало. «А что касается моей «бессовестности» и «негражданственности», то на предмет гражданственности я готов и дальше спорить с господином Шепелем. Жизнь еще покажет, кто из нас прав», — заявил Кесаев.