Причиной катастрофы Columbia могла стать цинковая грунтовка.
В марте 2001 года, когда Discovery вернулся из космического полета, на его левом крыле была обнаружена 5-сантиметровая трещина, вызванная коррозией. В официальном отчете данная проблема была названа серьезной, поскольку было понятно, что трещина появилась во время космического полета: всего за три часа до старта инспекторы проводили осмотр той же термозащитной панели и не обнаружили ничего подозрительного.

В результате расследования было установлено, что причиной появления трещины стало медленное просачивание кислорода во внешний слой защитного покрытия, выполненный из кремнийуглеродистого волокна. Использовавшаяся в качестве грунтовки цинковая краска, как оказалось, при температурах выше 900° допускает прохождение кислорода через нее. Температура значительных поверхностей шаттлов при входе в атмосферу достигает 3000°.

После обнаружения дефекта на корабле Discovery NASA потребовало провести проверку покрытия крыльев всех шаттлов, однако ничего подобного более нигде обнаружено не было. Как сказал глава NASA Шон О’Киф, «сейчас не существует технологии, которая позволила бы обнаружить такие дефекты, не подвергая образцы разрушению».

Несмотря на то что за год до проведения этих тестов другое исследование показало, что разрушения на внутренней стороне могут быть значительно сильнее, чем наблюдаемые снаружи, и несмотря на признание визуального обследования не вполне адекватным задаче, мерами, которые были приняты, стало лишь ограничение количества полетов, в течение которых могла быть использована каждая защитная панель. Эти требования для шаттла Columbia были выполнены, а по поводу шаттла Discovery был сделан вывод о малой вероятности фатальных последствий обнаруженного дефекта.

Еще одной проблемой стал неоднократно повторявшийся отрыв кусков термозащитной пены от топливного бака ракеты-носителя. Сам по себе, считают специалисты, он не мог стать причиной какого-либо серьезного разрушения, однако догадаться сопоставить его с результатами отчета по коррозийным дефектам углеродных панелей, существенно уменьшавших их твердость, никому в голову не пришло.

Сейчас, по мнению корреспондента Associated Press, специальная независимая комиссия по расследованию происшествия склоняется к выводу, что именно сочетание этих двух непредвиденных проблем и стало причиной трагедии.