Во вторник в 8.00 в храме Христа Спасителя в Москве началась Божественная литургия об упокоении патриарха Алексия II. В заупокойной литургии приняли участие около 200 священнослужителей. Они собрались вокруг гроба патриарха, читая молитвы. Литургию возглавил местоблюститель патриаршего престола митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл. Вместе с ним служили члены Священного синода и архиереи Русской православной церкви. К ним в понедельник присоединились и священнослужители из Русской православной церкви за рубежом. Все они были облачены в белые одежды, соответствующие в церкви торжественному моменту проводов «в жизнь вечную». Служить литургию владыке Кириллу помогал председательствующий в синоде Сербской церкви митрополит Черногорский и Приморский Амфилохий. Участие в заупокойном богослужении приняли также представители Римской католической церкви, Англиканской церкви, католикос всех армян Гарегин и представители протестантских церквей из различных государств Европы.
Гроб Алексия II утопал в белых розах, которые, как говорят, очень любил патриарх.
Возле него также были выставлены атрибуты высшей патриаршей власти: белый патриарший куколь (головной убор), патриарший выносной крест и посох.
Об упокоении патриарха молились и официальные лица. В частности, в храме присутствовали министр юстиции Александр Коновалов, генпрокурор Юрий Чайка, посол России на Украине Виктор Черномырдин, глава МЧС Сергей Шойгу, замглавы администрации президента Владислав Сурков, вице-премьеры Дмитрий Козак, Сергей Иванов, Сергей Собянин, губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко, Сергей Иванов, мэр Москвы Юрий Лужков и другие чиновники. Кроме них на богослужение пришла глава Российского императорского дома великая княгиня Мария Владимировна. В середине литургии в храм Христа Спасителя зашел президент Белоруссии Александр Лукашенко. Также там был замечен лидер украинской Партии регионов Виктор Янукович (который позже в отличие от остальных приложился к телу Алексия II). На богослужение прилетели также президент Молдавии Владимир Воронин, президент Сербии Борис Тадич и президент Армении Серж Саргсян. В 10.45 богослужение закончилось, и официальные лица начали возлагать к гробу патриарха цветы.
К 11 часам в храме появились президент России Дмитрий Медведев и премьер-министр Владимир Путин с супругами.
Вместе с лидерами бывших советских республик и священнослужителями они встали вокруг гроба Алексия II, а митрополит Кирилл произнес торжественную речь, посвященную деяниям патриарха.
Двери в храм с началом литургии для прихожан были закрыты. Несмотря на это, у станции метро «Кропоткинская» еще утром собрались сотни человек, надеявшихся попасть на отпевание патриарха.
В 11.00 началось собственно отпевание Алексия II, возглавил которое специально прилетевший для этого в Москву патриарх Константинопольский (Вселенский) Варфоломей.
В ходе богослужения местоблюстителю патриаршего престола митрополиту Кириллу стало плохо: его подхватили двое священнослужителей и увели за алтарь. (Как сообщает Reuters, несколькими минутами позже, когда митрополита попытались вывести на воздух, он упал в обморок.) Вместо него эту часть службы продолжил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий. В 12.53 митрополит Кирилл вернулся на службу.
(Как оказалось позже, плохо стало на отпевании не только местоблюстителю: «недомогание» почувствовала секретарь Совета национальной безопасности и обороны Украины Раиса Богатырева. Сначала сообщалось, что ей даже потребовалась медицинская помощь, однако затем украинская сторона заявила, что «недомогание было легким»).
Примерно в 13.10 священнослужители под пение хора начали подходить к гробу патриарха, чтобы проститься с ним, за первоиерархами последовали чиновники начиная с российского президента, затем к телу допустили и всех остальных, гроб обступили со всех сторон культурные и общественные деятели.
После отпевания, почти в два часа дня, гроб с телом первоиерарха подняли, чтобы пронести вокруг храма, а затем провезти по маршруту улица Волхонка — Моховая — Театральная площадь — Маросейка — Покровка — Старая Басманная — Спартаковская на место захоронения, в Богоявленский Елоховский собор, где еще с понедельника начали дежурить милицейские машины: сотрудники правоохранительных органов, по их словам, ожидали большого скопления людей на площадке перед собором.
Ранее свое присутствие на похоронах патриарха Алексия II подтвердили ведущие религиозные деятели мира, в том числе грузинский патриарх Илия II, архиепископ Афинский и всея Эллады Иероним, митрополит Чешских земель и Словакии Христофор. Римско-католическую церковь на похоронах будут представлять кардиналы Роже Эчегарай и Вальтер Каспер. Ожидается также участие ряда других католических иерархов. На высоком уровне будет представлена Армянская апостольская церковь, Церковь Англии будет представлять епископ Лондонский Ричард Чартрз, Евангелическую церковь в Германии — епископ Мартин Шиндехютте. В Москву также прибудет из США раввин, председатель фонда «Призыв к совести» Артур Шнайер, глава Организации исламской культуры и связей Ирана аятолла Мохаммад Али Тасхири, глава Управления мусульман Кавказа Аллахшукюр Пашазаде и другие.
Похороны Алексия II практически полностью парализовали движение в городе.
В связи с прохождением похоронной процессии перекрыли Моховую, Знаменку, Боровицкую площадь, Большой Каменный мост, Никитскую улицу (в сторону центра), Тверскую (в сторону центра), Манежную площадь, Охотный Ряд, Театральный проезд, Петровку, Лубянскую площадь, Новую площадь, Мясницкую улицу, площадь Ильинских ворот, Покровский бульвар, Чистопрудный бульвар, а также Садовое кольцо на пересечении с улицей Покровка.
В половине третьего, когда от храма Христа Спасителя в сторону Спартаковской тронулась траурная процессия, к собору приехали первые два автобуса со священнослужителями в сопровождении машин с мигалками. В соборе зазвонили колокола. В 14.47 катафалк с гробом Алексия II въехал на территорию собора. Следом за ним направились автобусы со священнослужителями.
