Коллектив «Красноярских авиалиний» будет сокращен в четыре раза. По словам генерального директора авиакомпании Ивана Паненко, это связано с вхождением «КрасЭйра» в авиахолдинг «Авиалинии России». «В новую компанию попадут не все работники «КрасЭйра», поскольку туда требуется в четыре раза меньше сотрудников. Из более чем 3 тысяч в новый альянс перейдут около 800 сотрудников авиакомпании», — сказал Паненко.

Угроза потери работы при нынешней ситуации на рынке труда печальна, однако перед сотрудниками «КрасЭйра» стоит и другая проблема – получение с руководства компании зарплаты начиная с августа 2008 года. Как писала «Газета», долг по зарплате за август составляет 120 млн рублей, за сентябрь – 100 млн рублей. В пятницу летный состав авиакомпании отказался выполнять рейсы, в понедельник работники компании провели митинг по поводу трудоустройства сотрудников, попавших под сокращения, а также невыплат зарплаты. Иван Паненко заявил перед митингующими, что работа по погашению задолженностей по зарплате сотрудникам уже идет.

Ожидалось, что часть обязательств по выплате заработной платы сотрудникам «КрасЭйра» выполнят госкорпорация «Ростехнологии» и «Атлант-Союз» (авиакомпания правительства Москвы). «Ростехнологии», как обладатель госпакета авиакомпании, взяли на себя ответственность за ряд долгов перед топливными поставщиками. Компания «Атлант-Союз» ранее заявляла, что готова взять на себя часть долговых обязательств перед кредиторами AirUnion, а также погасить долги по зарплате. К тому же поддержание деятельности «КрасЭйра» в интересах «Атлант-Союза», который станет головным перевозчиком в новом холдинге «Российские авиалинии».

Включение авиаперевозчика в состав «Авиалиний России» связано с банкротством альянса AirUnion, куда «КрасЭйр» входил наравне с авиакомпаниями »Домодедовские авиалинии», «Самара», «Омскавиа» и «Сибавиатранс». Само создание новой компании связано с попыткой урегулировать таким образом кризис пассажирских авиаперевозок.